يقع مسجد القبلتين في الجزء الشمالي الغربي للمدينة المنورة، وتحديداً على طريق خالد بن الوليد، وتقاطعه مع شارع سلطانة، (المركز التجاري في المدينة المنورة)، وهو قريب جداً من الدائري الثاني (طريق الملك عبد الله) من جهة الغرب، ومسجد القبلتين من المعالم البارزة في المدينة المنورة والتي ترتبط بأحداث السيرة النبوية، ولهذا المسجد أهمية خاصة في التاريخ الإسلامي.

مساحة المسجد تبلغ 3920 مترا مربعا، وتعلوه قبتان الأولى قطرها ثمانية أمتار والأخرى سبعة أمتار والارتفاع يقارب 17 مترا لكل منهما.

وعن سبب تسميته بالقبلتين، يقول المؤرخ والباحث المعروف الدكتور تنيضب الفايدي: "ورد في السيرة النبوية المطهرة، أن الرسول ـــ صلى الله عليه وسلم ـــ زار أم بشر بن البراءة بن معرور في موضع إقامة بني سلمة وهو المكان الذي بني فيه هذا المسجد، فصنعت له طعاماً، وحانت صلاة الظهر فصلى ركعتين ثم أمر أن يوجه إلى الكعبة، فاستدار إلى الكعبة واستقبل الميزاب فهي القبلة التي قال الله تعالى فيها: (فَلَنُوَلِّيَنَّكَ قِبْلَةً تَرْضَاهَا فَوَلِّ وَجْهَكَ شَطْرَ الْمَسْجِدِ الْحَرَامِ). فسمي المسجد مسجد القبلتين، وذلك لأن صلاة واحدة صلّي نصفها جهة بيت المقدس والنصف الآخر جهة البيت الحرام، فكان هذا الموضع نقطة التحول في القبلة نحو الكعبة".

وأضاف: "روي عن ابن عمر ـــ رضي الله عنهما ـــ أنه قال: "بينما نحن في صلاة الصبح بقباء جاءنا رجل فقال: إن رسول الله ـــ صلى الله عليه وسلم ـــ قد أنزل عليه الليلة قرآن، وقد أمر أن يستقبل الكعبة ألا فاستقبلوها، وكانت قبلة الناس إلى الشام، فاستداروا وتوجهوا إلى الكعبة".

وتابع قائلا: وقد أراد بنو سلمة ـــ وهم يقطنون في جوار مسجد القبلتين ـــ ترك هذا المكان والسكنى قرب المسجد النبوي الشريف فبلغ ذلك رسول الله ـــ صلى الله عليه وسلم ـــ فمنعهم عن ذلك، فعن جابر بن عبد الله ـــ رضي الله عنهما ـــ قال: خلت البقاع حول المسجد فأراد بنو سلمة أن ينتقلوا إلى قرب المسجد، فبلغ ذلك رسول الله ـــ صلى الله عليه وسلم ـــ فقال لهم: "إنه بلغني أنكم تريدون أن تنتقلوا قرب المسجد؟ قالوا: نعم يا رسول الله، قد أردنا ذلك، فقال: "يا بني سلمة دياركم تكتب آثاركم، دياركم تكتب آثاركم".

بني هذا المسجد في بادئ الأمر بالطين واللبن وسقف بجذوع النخل، ثم تم تجديد بناء المسجد في عهد عمر بن عبد العزيز (87 ـ 93 هـ) وجدد ثانية في عهد السلطان القانوني عام 950هـ، وتم تطويره وتوسعته فأزيلت الرابية وأقيم مكانها مبنى جديد واسع يتألف من طابقين.

وشهد في عهد خادم الحرمين الشريفين الملك فهد بن عبد العزيز – رحمه الله - سنة 1408 هـ، توسعة عمرانية كبيرة، ويتميز ببياضه الناصع الذي يبدو للزائر من بعيد، وبمناراته الباسقة وذات الجانب الجمالي المتميز.