سمح تنظيم هيئة الزكاة والضريبة والجمارك، للهيئة بإنشاء شركات تابعة لها، تقوم بأدوار تمكنها من أداء أنشطتها ومهامها وتحقيق أهدافها.
وتتمتع الهيئة بالشخصية الاعتبارية العامة والاستقلال المالي والإداري، وترتبط تنظيما بالوزير، ويكون مقرها الرئيس في مدينة الرياض، ولها إنشاء فروع أو مكاتب - بحسب الحاجة - داخل المملكة وخارجها.
وبحسب التنظيم، تهدف الهيئة إلى القيام بأعمال جباية الزكاة وتحصيل الضرائب والرسوم الجمركية، وتحقيق أعلى درجات الالتزام من قبل المكلفين بها بالواجبات المفروضة عليهم، وفقا لأفضل الممارسات وبكفاية عالية، وتنظيم جميع الأنشطة المتعلقة بالعمل الجمركي والمنافذ الجمركية، وإدارتها، بما يكفل النهوض بمستواها إلى أقصى درجة من الكفاية والإنتاجية والتنافسية، ولها - إضافة إلى اختصاصاتها المقررة نظاما ودون إخلال باختصاصات ومسؤوليات الجهات الأخرى - القيام بكل ما يلزم في سبيل تحقيق أهدافها، ومن ذلك جباية الزكاة وتحصيل الضرائب والرسوم الجمركية من المكلفين، وفقا للأنظمة واللوائح والتعليمات ذات العلاقة.
وللهيئة توفير خدمات عالية الجودة للمكلفين، لمساعدتهم على الوفاء بواجباتهم، ومتابعة المكلفين، واتخاذ ما يلزم من إجراءات لضمان جباية وتحصيل المستحقات المتوجبة عليهم، والعمل على نشر الوعي لدى المكلفين وتقوية درجة التزامهم الطوعي، والتأكد من التزامهم بما يصدر من الهيئة من تعليمات وضوابط في مجال اختصاصها، وتوظيف التقنية الحديثة في تنفيذ أعمال الهيئة ومراقبتها وتسهيلها، وفي تعزيز الدور الأمني في مكافحة التهريب الجمركي، والتعاون مع القطاع الخاص بشأن تنفيذ بعض الأعمال المساندة، وإدارتها.
وبحسب التنظيم، فإن للهيئة وضع الخطط اللازمة لتنظيم مرافق المنافذ الجمركية وإدارتها واستثمارها، بالتنسيق مع الجهات ذات العلاقة، ووضع معايير لمتابعة مؤشرات أداء أعمال الهيئة وخططها، التي تكفل تطوير أدائها وخدماتها، وللهيئة التنسيق في هذا الشأن مع من تراه من الجهات ذات الصلة باختصاصاتها، والتعاون وتبادل الخبرات مع الهيئات والمنظمات الإقليمية والدولية، وبيوت الخبرة المتخصصة داخل المملكة وخارجها، وذلك في حدود اختصاصات الهيئة، وتمثيل المملكة في المنظمات والهيئات والمحافل والمؤتمرات الإقليمية والدولية ذات الصلة باختصاصات الهيئة.
ويتولى مجلس إدارة الهيئة، الإشراف على إدارة شؤون الهيئة وتصريف أمورها، ويتخذ جميع القرارات اللازمة لتحقيق أهدافها في حدود ما تضمنه التنظيم من أحكام، وله - بوجه خاص - إقرار السياسات العامة للهيئة، والخطط والبرامج اللازمة لتنفيذها، واقتراح مشاريع الأنظمة ذات العلاقة باختصاصات الهيئة، واقتراح تعديل المعمول به منها، ورفعها لاستكمال الإجراءات النظامية اللازمة بشأنها، وإقرار اللوائح الإدارية والمالية التي تسير عليها الهيئة، وغيرها من اللوائح الداخلية والفنية اللازمة لتسيير شؤونها، على أن يكون إقرار اللوائح الإدارية بالاتفاق مع وزارة الموارد البشرية والتنمية الاجتماعية، وأن يكون إقرار اللوائح المالية والأحكام ذات الأثر المالي في اللوائح الإدارية بالاتفاق مع وزارة المالية، وإقرار الهيكل التنظيمي للهيئة، والموافقة على إنشاء فروع أو مكاتب للهيئة، وتعيين مراجع حسابات خارجي.
وللمجلس الموافقة على حساب الهيئة الختامي والتقرير السنوي وتقرير مراجع الحسابات، تمهيدا لرفعها وفق الإجراءات النظامية المتبعة، واعتماد ميزانية الهيئة السنوية، ورفع نسخة منها إلى رئيس مجلس الوزراء، والنظر في التقارير الدورية التي تقدم عن سير العمل في الهيئة، والموافقة على إبرام الاتفاقيات والبروتوكولات والعقود، بحسب الإجراءات النظامية المتبعة، وتحديد أوجه استثمار أموال الهيئة وأصولها الثابتة والمنقولة، وتحديد المقابل المالي للخدمات التي تقدمها الهيئة في مجال اختصاصها، ووضع قواعد عمل اللجنة الشرعية المنصوص عليها في المادة "الثامنة" من التنظيم، بما في ذلك تنظيم اجتماعاتها، وآلية إصدار قراراتها، وقبول الهبات والتبرعات والمنح والوصايا والأوقاف وفقا للأحكام المنظمة لذلك، والموافقة على إنشاء شركات تابعة للهيئة.
وللمجلس - في سبيل تحقيق هذه الاختصاصات - تشكيل لجان دائمة أو مؤقتة من بين أعضائه أو من سواهم، يعهد إليها بما يراه من مهام، ويحدد في قرار تشكيل كل لجنة رئيسها وأعضاءها واختصاصاتها، وتكون لها الاستعانة بمن تراه لتأدية المهام الموكولة إليها.
وللمجلس كذلك تفويض بعض اختصاصاته إلى الرئيس أو إلى من يراه من أعضائه أو من منسوبي الهيئة.