ضمن مشروع الأمير محمد بن سلمان ولي العهد لترميم وتأهيل المساجد التاريخية في المملكة، التي تضم 30 مسجدا في عشر مناطق، يبرز في حي الكوت التاريخي في محافظة الأحساء التابعة للمنطقة الشرقية مسجد الشيخ أبو بكر الذي يعد من أقدم المباني التراثية في الأحساء.

ويعد المسجد من أقدم المساجد التراثية في محافظة الأحساء، ويعود تاريخ تشييده إلى أكثر من 300 عام، حيث تكفل ببنائه الشيخ أحمد أبو علي ، وترتبط به مدرسة ورباط أبي بكر الواقعة جنوب غرب المسجد التي كانت تعد منارة للعلم الشرعي، حيث كان يتوافد إليها عديد من طلاب العلم من دول الخليج والهند وباكستان وبلاد فارس، وتم بناء المسجد للتيسير على سكان الحي والتسهيل على طلاب العلم الذين يدرسون في المدرسة.

وتناوب على إمامة المسجد مشايخ من أسرة أبي بكر، منهم الشيخ بن محمد عمر الملا الشهير بأبي بكر الكبير، والشيخ عبدالله الملا المعروف بأبي بكر الصغير، والشيخ أحمد أبو بكر الملا، ومن بعده أبناؤه، ويقع مسجد أبو بكر وسط حي الكوت القديم في مدينة الهفوف في محافظة الأحساء، ويبعد المسجد نحو 200 متر شرق مقبرة الكوت، ونحو 390 مترا جنوب غرب قصر إبراهيم.

ويتميز مسجد أبو بكر ببنائه على طراز معماري فريد، حيث كان بناؤه من الطين والحصى وجذوع النخل، وتبلغ مساحة المسجد قبل التطوير نحو (565م2) ، ويتسع لنحو 125 مصليا. ويتكون المسجد من بيت للصلاة بمساحة (5.65*13.7م)، وساحة خارجية بمساحة (15.85*16.35م) مظلل جزء منها، ومستودع مكون من غرفتين تبلغ مساحة كل منهما 12.5م2، وسكن للإمام مساحته نحو (127م2)، إضافة إلى دورات للمياه تبلغ مساحتها (40م2).