يرتبط استهلاك القهوة بشكل عكسي بخطر الإصابة بمرض الكبد الدهني غير الكحولي (NAFLD). ولا تزال هناك فجوة في المؤلفات المتعلقة بالآليات المعوية التي تشارك في تأثير تناول القهوة في الوقاية من مرض الكبد الدهني غير الكحولي. وفي دراسة نشرتها جامعة كامبريدج على موقع "جورنال أوف نوتريشنال ساينس" التابع لها تم تقسيم 24 فأرا إلى 3 مجموعات مع إخضاع كل منها لنظام غذائي معين لمدة 12 أسبوعا : الأول نظام غذائي قياسي والثاني نظام غذائي عالي الدهون والثالث نظام غذائي عالي الدهون مع تناول القهوة منزوعة الكافيين. وخلصت الدراسة إلى أن تناول القهوة خفض التنكس الدهني الكبدي الناجم عن النظام الغذائي عالي الدهون وأيضا خفض نسب الكوليسترول والجلوكوز.
ومقارنة بالفئران التي خضعت للنظام الغذائي عالي الدهون فقط ، كان لدى الفئران التي خضعت للنظام نفسه ولكن بإضافة القهوة كم أكبر من الدهون غير المهضومة في القولون وكم أكبر من الأحماض الدهنية الحرة في الإثنى عشر والقولون. كما كان لدى الفئران التي تناولت القهوة كم من الطاقة قابل للمقارنة مع الفئران التي حصلت على النظام الغذائي عالي الدهون بدون قهوة ولكن ابتداء من أسبوع التدخل الثامن اكتسبت مجموعة القهوة وزنا أقل بكثير مع مرور الوقت. وأظهرت البيانات تماما أن القهوة منعت الإصابة بمرض الكبد الدهني غير الكحولي الناجم عن النظام الغذائي عالي الدهون في الفئران عن طريق الحد من ترسب الدهون الكبدية وتشوهات التمثيل الغذائي من خلال تعديل المسارات التي تدعم أكسدة الدهون في الكبد ، وتدفق الكوليسترول في الأمعاء والتمثيل الغذائي للطاقة ونفاذية الأمعاء. ورافق الفوائد الكبدية والتمثيل الغذائي الناجم عن القهوة أيضا تغييرات في الأمعاء الدقيقة.