تعمل وحدات التخزين الخارجية ''هاردسك'' وفق ثلاثة أنظمة رئيسة للتوافق في اتصالها مع أنظمة تشغيل الحاسب الآلي في المحمول والمكتبي، فنظام NTFS هو الصيغة التوافقية التي تعمل مع أنظمة تشغيل ويندوز فقط، بينما يتوافق نظام MAC مع الأجهزة التي تعمل مع أنظمة تشغيل ماكنتوش فقط، ويأتي أخيرا نظام FAT32 ذاك المخصص لأنظمة تشغيل ويندوز وماك أو لينكس، إلا أن الأخير يواجه كثيرا من المشكلات عند نقل الملفات التي يفوق حجمها 4 جيجا.

هناك العديد من المشكلات تواجه المستخدمين الذين يرغبون في استخدام الهاردسك على كل أنظمة التشغيل المختلفة لديهم، ومشكلات أخرى تواجه من لديه أجهزة هاردسك مستخدمة على أنظمة لا يستطيع تغييرها ويود أيضا تشغيلها. ''الاتصالات والتقنية'' بدورها تعرض عددا من الحلول الممكنة للاستفادة الكاملة من الخصائص كافة التي تتيحها أنظمة التشغيل وأنظمة التخزين.

- لمن يواجه مشكلات في تشغيل ونقل الملفات من الهاردسك الخارجي إلى أجهزة ماك، فإن المشكلة تكمن في أن نظام الهاردسك NTFS لا يتوافق مع نظام التشغيل من ماك، وعليه؛ فينصح هنا مستخدمو ماك باستخدام برنامج Paragon NTFS الذي يمكن مستخدمي ماك من تشغيل الهاردسك ونقل الملفات التي تعمل بأنظمة تشغيل ويندوز.