يعرف هذا المسجد بمسجد الشجرة لأن النبي ـ صلى الله عليه وسلم ـ عند خروجه إلى مكة للعمرة أو الحج كان ينزل تحت ظل شجرة في هذه الناحية يصلي، ثم يهلّ محرماً يريد العمرة أو الحج. ويطلق عليه مسجد ذي الحليفة (اسم المنطقة التي يقع فيها المسجد)، وهي ميقات أهل المدينة وما خلفها. لذلك يسمى أيضاً بمسجد الميقات، يقع المسجد على الجانب الغربي من وادي العقيق، ويبعد عن المسجد النبوي الشريف قرابة 14 كيلو مترا.

بني المسجد في عهد الخليفة الراشد عمر بن عبد العزيز ـ رضي الله عنه ـ عام 87/93هـ، وجدده زين الدين الأستادار في العصر العباسي، ثم جُدد في العصر العثماني في عهد السلطان محمد الرابع عام 1058هـ - 1099هـ. وكان صغيراً جداً مبنياً من اللبن والحجارة ولم يكن الحجاج والمعتمرون في المواسم يجدون راحتهم فيه، فأمر الملك فيصل بتجديده وتوسعته. ومع ازدياد عدد الحجاج والمعتمرين أمر خادم الحرمين الشريفين بمضاعفة حجمه عدة أضعاف، وتزويده بالمرافق اللازمة فأصبح المسجد محطة متكاملة للمسافرين، فقد بُني على شكل مربع مساحته 6.000 متر مربع، ويتكون من مجموعتين من الأروقة تفصل بينهما ساحة واسعة مساحتها ألف متر، وله أقواس تنتهي بقباب طويلة يبلغ ارتفاعها عن الأرض 16م.

يتسع المسجد لخمسة آلاف مصل على الأقل، وللمسجد مئذنة متميزة على شكل سلم حلزوني ارتفاعها 62 متراً، وتتصل بالمسجد مباني الإحرام والوضوء، حيث يحتوي على 567 حماماً للاغتسال، و512 دورة مياه، و64 غرفة لتبديل الملابس. كما بني من جهته الشرقية سوق لتأمين حاجات الحجاج، وأنشئت في الجهة الغربية منه مواقف سيارات وحديقة نخل واسعة.

اللهم اكتب لنا زيارة بيتك الحرام، والصلاة في مسجد النبي ـ صلى الله عليه وسلم ـ وزيارة مسجد الشجرة والصلاة فيه يا رب العالمين.