قبل اندماج الفرعين السعودي واليمني قام "تنظيم القاعدة" بعدد من العمليات في الأراضي السعودية أبرزها:

ـ فبراير عام 1995م: هجوم بالسيارة المفخخة على إدارة للحرس الوطني، يؤدي إلى مقتل ستة أشخاص من بينهم خمسة أمريكيين.

ـ يونيو عام 1996م: هجوم عنيف بشاحنة مفخخة على مبنى يقطنه أمريكيون في الخبر يخلف 19 قتيلاً ونحو 500 جريح.

وبعد فترة هدوء نسبي استمرت لسبعة أعوام عادت الموجة الجديدة لتظهر عام 2003 على يد "تنظيم القاعدة" وتحديدا على يد المؤسسين يوسف العييري وعبدالعزيز المقرن وكريم المجاطي ويونس الحياري وخالد الحاج وسعود العتيبي وصالح العوفي وتركي الدندني، وغيرهم.

ـ مايو عام 2003م: هجوم بثلاث سيارات مفخخة على مجمع سكني في الرياض، تقطنه غالبية غربية يسفر عن مقتل 26 شخصاً إضافة إلى مقتل تسعة من المهاجمين.

ـ نوفمبر عام 2003م: هجوم بشاحنة مفخخة يستهدف مجمعاً سكنياً في الرياض، يسفر عن سقوط 17 قتيلاً و100 جريح.

ـ الأول من مايو عام 2004م: هجوم في مدينة ينبع يخلف ستة قتلى غربيين.

ـ 29 مايو عام 2004م: مسلح يقتحم مجمعاً سكنياً في الخبر ويحتجز العشرات رهائن، أغلبهم موظفون في شركات نفط أجنبية، وخلفت العملية مقتل 19 غربياً وتمكن المهاجم من الفرار.

ـ ديسمبر عام 2004م: هاجم مسلحون مقر القنصلية الأمريكية في مدينة جدة، وخلف الهجوم خمسة قتلى من عمال القنصلية إضافة إلى مقتل المهاجمين.

ـ عام 2005م: القوات السعودية تشن عملية واسعة على معاقل التنظيم وأدت الحملة إلى توجيه ضربة موجعة للتنظيم إثر مقتل عدد من قادته ومقاتليه واعتقال عدد آخر، وهو ما أدى إلى تراجع عمليات التنظيم خاصة الكبيرة منها.

أما بعد اندماج الفرعين السعودي واليمني فقد تمثلت أبرز عمليات التنظيم في محاولة الاغتيال الفاشلة التي تعرض لها الأمير محمد بن نايف مساعد وزير الداخلية السعودي في 28 أغسطس عام 2009م في مدينة جدة.

وفي محاولات اقتحام حدودية بائسة تصدى لها رجال سلاح الحدود بكل بسالة.