أعتذر البابا شنودة الثالث بابا الإسكندرية و بطريرك الكرازة المرقسية عن اقتباسات نشرت لأحد مساعديه تساءل فيها عما إذا كانت بعض آيات القرآن محرفة، وهو الأمر الذي آثار غضب المسلمين بمصر، وقال إنه لايقبل الإساءة للمشاعر الدينية لأي أحد. وقال البابا في حوار أذيع أمس الاحد الجزء الأول منه على القناة الأولى بالتلفزيون المصري " أنا آسف جدا لأن يحصل جرح لمشاعر الأخوة المسلمين، كون أننا نشعر أنهم زعلانين فهذا أمر لا يرضينا" . وأضاف " الحوار الديني يدار في المساحة المشتركة بيننا ، وأن يصب من أجل خير البلد ونشر الفضيلة ولكن لا نتدخل في الخلافات الدينية، فكلا له إيمانه الذي يعتز به" وعدد البابا مجموعة من القضايا المشتركة بين الجانبين كأثبات وجود الله و شرح صفاته للملحدين بالأضافة إلى القضايا الوطنية . وكانت الصحف قد اقتبست من الأنبا بيشوي، الذي يعد الرجل الثاني في الكنيسة القبطية الأرثوذكسية، تساؤله عما إذا كانت بعض آيات القرآن قد أضيفت في عهد الخليفة عثمان بن عفان رضي الله عنه كذلك وصفه لمسلمي مصر بأنهم ضيوف على المسيحيين وهو ما أثار ردود فعل غاضبة حيث تظاهر آلاف المسلمين بمدينة الأسكندرية، و أصدر الأزهر بيان شديد اللهجة أعتبر فيها تصريحات سكرتير المجمع المقدس بأنها غير مسئولة. كما أعتبر البابا أن تصريحات بيشوي التي قال فيها أن المسلمين ضيوف على الأقباط، أنها انتزعت من سياقها ، مشيرا أنه ليس كل ما ينشر في الصحف يؤخذ على محمل الصدق. و تابع البابا :" أنا على أستعداد بالقول أننا كأقباط ضيوف على المسلمين في مصر لأنهم أغلبية. مضيفا أن مجرد أثارة قضية الضيوف من الأساس أمر غير لائق ، و رأى البابا أن بعض الصحف تسيء أستخدام الحرية ، فلابد أن تتجه برسالتها نحو خير البلد و ليس أثارة المشكلات ". و أشار البابا إلى أنه لم يتوقع تطور الأحداث إلى ذلك الوضع ، مستدركا :" لو كنت أعلم ما سيحدث خلال المؤتمر كنت طلبت من الأنبا بيشوي بوقف المؤتمر " .